在試行3年后，按照計劃，今年年底前《國家基本藥物目錄》將完成新版制定。衛生部部長陳竺透露，包括世界衛生組織推薦的400種左右的西藥和200種中藥將增補進新目錄；除此之外，隨著監管部門對于過去3年基本藥物制度試行的總結，包括利潤低導致企業生產積極性不高、收支補償不到位導致基層醫生收入低等難題也有望獲得解決。
 
　　期待一：增補高頻率使用藥
 
　　3年前我國在頒布《國家基本藥物目錄（基層版）》之初，僅遴選確定了307種基本藥物，盡管隨后各地又增補了部分藥品種類，但依然無法滿足需求。北京市經濟與社會發展研究所社會發展部部長李軍考斯建議，新增補的藥品更多考慮到近年來高發的慢性病常用藥。
 
　　對此，陳竺也明確表示，基本藥物目錄的307種肯定不夠，按衛生部印發的《2012年衛生工作要點》，年底前要完成國家基本藥物目錄2012年版的制定，衛生部將根據各地藥物增補情況，歸納一些使用率高的藥物，新版基本藥物目錄中，有世界衛生組織推薦的400種左右的西藥，還會配200種中藥。
 
　　期待二：變“價低者得”招標方式
 
　　在基本藥物制度實施以來，招標價格一直備受爭議。在“價低者得”的招標過程中，一些藥企為了在競爭慘烈的醫保目錄投標中占得一席之地，用超低價格中標來“占坑”，中標之后的藥品，要么“按照藥品成本波動”調整價格，要么就消失不見。曾參與醫改政策制定的北京大學法學院教授孫東東認為，為了在醫保藥品市場中占有一席之地，某些藥企以個別藥品低價中標，再用其他高價藥品將虧損補回來。
 
　　北京一家二級醫院相關負責人告訴記者，自己從不推薦患者服用價格明顯低于成本價的新藥。他建議，在基本藥物定價過程中，在滿足患者需要的同時也要滿足藥廠的利潤需求。
 
　　孫東東告訴記者，在各地調研過程中發現有些藥企為了追求超低中標價格，藥品質量無法保證，出現以次充好的情況。在現行基本藥物采購制度中，最先受到傷害的就是大型藥企。
 
　　“在醫改穩步推進的過程中，基本藥物的質量應該放在被關注的首位，而不是價格。”孫東東說，控制公立醫院開大處方除了通過基本藥物的集中采購和規范使用之外，還應改變目前的付費機制，比如實行按人頭付費等，以此保障患者的診療和用藥需求。
 
　　期待三：績效考核留住“好醫生”
 
　　在基本藥物制度實施以后，社區醫院實行“零差價”售藥，同時不得購進非基本藥物。村衛生室的藥品采購將全部納入鄉鎮衛生院的采購計劃。此外，社區醫生也開始執行收支兩條線，從基層切斷了“以藥養醫”的鏈條。由于缺乏合理的績效考核制度，社區醫生收入普遍較低，社區醫生的流失形成了“好醫生不愿留在社區，患者就診只能奔大醫院”的尷尬局面。
 
　　為改變這種現狀，從去年開始，北京的社區醫生年薪從4.2萬元增至7.4萬元，希望留住優秀的社區醫生，但收效并不顯著。“小病不出社區”是醫改的目標之一。業界認為，只有切實提高基層醫生待遇，才能將優秀醫生留在社區。